Les Pré-Indications de la Filière et le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025)


SOMMAIRE


A/ Le PFMG : mise en œuvre générale

Le Plan France médecine génomique 2025 répond à la demande du Premier Ministre, Manuel Valls, adressée au Président de l’Alliance Aviesan, Yves Levy en avril 2015, afin d’examiner les conditions nécessaires à l’utilisation du séquençage du génome entier dans la pratique clinique. L’alliance Aviesan a réuni une année durant, plus de 200 personnes pour établir le PFMG 2025. Ce plan a été remis le 22 Juin 2016 au Premier Ministre. 

Le PFMG 2025 propose d’intégrer les analyses génomiques dans la pratique clinique pour des pré-indications validées par la haute autorité de santé (HAS). En adossant et encourageant une activité de recherche et développement autour de ces analyses et des données qui en résultent, le Plan ambitionne également le développement d’une filière nationale de la médecine génomique. D’un point de vue opérationnel, le plan s’organise en 3 objectifs et 14 mesures dont la mise en œuvre est assurée par l’Alliance Aviesan.

 Objectifs pour les maladies rares

L’impact attendu est associé à :

  • La réduction de l’errance diagnostique ;
  • L’optimisation de la prise en charge et de la stratégie thérapeutique permettant la prévention de la maladie ou de ses complications.

La liste des pré-indications pour lesquelles les patients pourront bénéficier d’un séquençage génomique au cours de leur parcours de soins va s’élargir au fil du temps.
L’élargissement du socle de pré-indications permettant l’accès des patients au séquençage génomique au cours de leur parcours de soins, concernera, au fur et à mesure de leur validation :

  • Les maladies rares
  • Le cancer
  • Les maladies communes

Il s’appuie sur un transfert des avancées scientifiques issues de la recherche vers le soin, après une phase de validation par un groupe de travail piloté par la Haute Autorité de Santé.
Toutes les pré-indications retenues ont vocation à être évaluées par la HAS pour rendre un avis en vue de leur remboursement par l’Assurance maladie.


B/ Les pré-indications de la filière CARDIOGEN : Quels patients sont concernés ? Comment les inclure ?

En janvier 2019 la filière CARDIOGEN avait répondu à la première campagne pour la priorisation de nouvelles pré-indications en proposant 3 dossiers de « Pré- indications Séquençage à Très Haut Débit (STDH) » pour la priorisation des pré- indications de séquençage de génome à visée diagnostique.
Le projet sur la cardiomyopathie dilatée avait été accepté.

En novembre 2019, les 3 projets soumis par la filière ont tous été retenus.

1. Les troubles du rythme héréditaires « isolés » :

  • Cliniciens référents : Pr Vincent PROBST (Nantes) & Dr Isabelle DENJOY (Paris-Bichat) ;
  • Biologistes référentes : Dr Florence KYNDT (Nantes) & Dr Véronique FRESSART (Paris-Pitié-Salpêtrière).

    Les troubles du rythme cardiaque « isolés » (sans cardiopathie structurelle sous jacente)  constituent une des causes importantes de mort subite chez le sujet jeune.
    Ces désordres électriques sur cœur structurellement sain sont fréquemment d’origine génétique avec une transmission le plus souvent autosomique dominante, et plus de 30 gènes impliqués.
    Après analyse par panel ciblé, plus de 50% des familles restent en impasse diagnostique génétique.

2. Les Cardiomyopathies familiales :

Elles constituent un élargissement à l’ensemble des cardiomyopathies (hypertrophiques, restrictive, ventriculaires droites, dilatées) du périmètre de pré-indication acceptée lors du 1er AAP :

  • Cliniciens référents : Pr Philippe CHARRON & Dr Estelle GANDJBAKHCH (Paris-Pitié-Salpêtrière);
  • Biologiste référente : Dr Pascale RICHARD (Paris-Pitié-Salpêtrière)

    Les cardiomyopathies constituent des causes majeures d’insuffisance cardiaque et de mort subite chez le sujet jeune.
    Ces maladies du myocarde sont fréquemment d’origine génétique avec une transmission le plus souvent autosomique dominante, et plus de 70 gènes impliqués.
    Après analyse par panel large, environ 50% des familles restent en impasse diagnostique.

3. Les malformations cardiaques congénitales complexes :

Formes syndromiques sporadiques.

  • Cardiologues référents : Dr Julie THOMAS (Bordeaux) & Pr. Jean-Benoit THAMBO (Bordeaux)
  • Généticienne référente : Pr Caroline ROORYCK-THAMBO (Bordeaux)
    Malformations cardiaques congénitales complexes: formes syndromiques.

    Il existe une grande hétérogénéité génétique des cardiopathies congénitales syndromiques: les malformations cardiaques font partie de nombreuses entités syndromiques, (les formes familiales de malformations cardiaques congénitales complexes non syndromiques ne font pas partie de cette préindication)

    Informations et contacts pour inclure vos patients à venir

La priorisation de nouvelles pré-indications se fera régulièrement suivant la montée en charge des capacités de séquençage du PFMG2025.


C/ Le parcours précis d’une pré-indication de la prescription à la restitution des résultats du patient

Les médecins référents sont en charge de la structuration et de la coordination du parcours des analyses.

  1. Consultation médicale : le médecin requérant d’un CRMR ou CCMR informe le patient ;
  2. RCP d’amont : discussion de la pertinence de l’examen avec validation ou non de l’indication par les médecins prescripteurs, médecins requérants et les participants à la RCP d’amont au sein des CRMR et/ou le réseau des pré-indications ;
  3. Consultation médicale : information au patient ou à ses ayants droit par le médecin prescripteur :
    – Prescription et recueil du consentement spécifique;
    – Prélèvement du patient et des apparentés et envoi des échantillons à la plateforme du PFMG encore appelée Laboratoire de Médecine Génomique (LMG) ;
  4. Séquençage : séquençage du génome entier (appelé whole genomesequencing -WGS) et traitements bioinformatiques nécessaires au niveau du LMG. Interprétation des variants par les biologistes habilités par le LMG et nécessaire au rendu d’un résultat.
  5. RCP d’aval : confrontation et discussion des conclusions rendues par le LMG par les médecins prescripteurs, et les participants à la RCP d’aval, ainsi que le laboratoire référent associé ;  
  6. Consultation médicale : restitution des résultats au patient par le médecin prescripteur et prise en charge adaptée.

D/ Les 2 plateformes génomiques (Laboratoires de Médecine Génomique) assurant la couverture du territoire

Dans le cadre de ce PFMG 2025, deux plateformes génomiques, SeqOIA (Ile-de-France) et AURAGEN (région Auvergne-Rhône-Alpes) sont désormais opérationnelles pour permettre l’intégration du séquençage à haut débit du génome entier dans la pratique clinique, pour une série d’indications cliniques pilotes, appelées « pré-indications ».

Pour plus d’informations :